吴尊和妻子林丽吟参加了明星真人综艺《婚前21天》的拍摄，节目中公开了两人在2004年就已经注册结婚了，不过飞轮海在2005年才出道，而且全员都是单身人设，这也让大批粉丝感到震惊。
飞轮海是台湾曾经的大热男团，再此期间吴尊拍摄了很多电视剧，因为帅气的外貌而大受欢迎。当时传出他有女友的消息，吴尊都一一否认，说自己的初恋嫁人了，传绯闻的时候说自己已经单身九年。为了保护家人选择隐婚的明星并不少，在2013年吴尊承认的时候他已经当爸爸了。因此有很多粉丝因为吴尊撒谎隐婚偶像失格，不过因为他在《爸爸回来了》节目和女儿的暖心互动，路人感又增加了不少。
2013年吴尊公布恋情的时候曾经向大家道歉，并且说经纪人并不知道自己已经结婚。在他的书中还有两人交往细节。吴尊和林丽吟是一见钟情，16岁的时候就在一起了。林丽吟在节目《爸爸去哪儿》中首次露面。两人结婚后一直没有办婚礼，录制《婚前21天》是妻子终于愿意补办婚礼。
吴尊的两个小孩出生日期正好是他和妻子的生日，因为这个巧合随即有网友爆料林丽吟是为了特定日期提前剖腹产，而且过程还遭遇危险。吴尊的工作室随后辟谣，声明两个孩子都是足月健康生产。
吴尊对孩子的疼爱从节目中就可以看出来，喂奶做饭都是亲力亲为，非常懂得照顾孩子。他曾经在节目上说在两个孩子期间，林丽吟还怀过一胎，但是在两个月的时候流产了，自己在外面工作没办法赶回去。痛失爱子的经历让他决定要放更多的时间精力在家人身上。
